《中华人民共和国海关进出口货物减免税管理办法》（以下简称“《办法》”）已于2008年12月29日以海关总署令第179号公布，并于2009年2月1日起施行。《办法》出台规范了减免税业务，同时也带来管理上的新变化。
《办法》适用所有减免税货物，但具体管理排除法定减免税
《办法》的适用范围包括法定减免税、临时减免税和特定减免税货物。
但在具体管理要求方面，由于《中华人民共和国海关进出口货物征税管理办法》（海关总署令127号公布，以下简称《征管办法》）第七十二条规定，关税、进口环节增值税或者消费税税额在人民币50元以下的一票货物、无商业价值的广告品和货样等部分法定减免税货物、物品无需办理减免税审批手续，因此符合《征管办法》第七十二条规定的货物、物品，无需按照《办法》要求办理减免税审批手续。
非法人分支机构可予办理申请减免税备案、审批。但其与一般减免税申请人不同
在目前的减免税管理实践中，大型国有企业由于减免税项目多，具体承办各项目的分支机构遍布全国各地，如果集中在一个海关办理手续并接受监管，企业承担较大的行政成本，主管海关也承担较大的监管压力。
因此，《办法》第三条第四款规定,“投资项目由投资项目单位所属非法人分支机构具体实施的，在获得投资项目单位的授权并经投资项目所在地海关审核同意后，该非法人分支机构可以向投资项目所在地海关申请办理减免税备案、审批手续”。
需要说明的是，虽然非法人分支机构可以依据《办法》规定成为减免税申请人，但并不进行海关注册登记，未获得海关编码；准予其办理减免税备案、审批手续的前提是该非法人分支机构得到了投资项目单位的明确授权，投资项目单位还必须按照海关要求在授权书中对法律责任的承担作出明示的表述，即非法人分支机构违反海关监管规定的，又投资项目单位承担相应法律责任，因此非法人分支机构在海关减免税管理中的法律地位与一般意义上的减免税申请人是不同的。
管理相对人申请办理减免税备案、审批等事项应提交相关材料
《办法》第六条和第十一条均规定了管理相对人申请减免税备案、审批时需要向主管海关提交相关材料，同时对相关材料的种类进行了简单列举。
如《进出口货物减免税备案申请表》、企业营业执照或事业单位法人证书、国家机关设立文件、社会团体登记证书、民办非企业单位登记证书、基金会登记证书等证明材料。由于目前国家出台的各项税收优惠政策要求受惠单位提交的材料各不相同，难以归类和分类，无法在《办法》中逐一列明，因此管理相对人在具体办理减免税备案、审批手续时，还应注意按照相应税收优惠政策及海关要求提交有关材料。
减免税备案限于海关事先需确认的情形
《办法》第二章规定的减免税备案程序不是所有减免税项目海关审批的必经程序。
按照《办法》第六条规定，应当备案的情形限于海关需要事先对减免税申请人的资格或者投资项目等情况进行确认的情形。备案是为了提高减免税货物海关管理的相对性、有效性。
同时，为加强备案管理的力度，《办法》第十二条进一步规定，海关在审查减免税审批申请时，“对应当进行减免税备案的，还应当审核是否已经按照规定办理备案手续”；发现应当进行减免税备案但未按照规定办理备案手续的，海关不予受理其减免税审批申请。
特殊情形，审批期限相应延长
《办法》第九条和第十四条除规定了海关作出准予备案、准予减免税决定的时限外，还规定了因特殊情形致使海关不能在规定时限内作出处理决定的相应处理。
这些情形绝大多数是指海关不可控制的情形，主要包括减免税政策的不明确；有关条目是否属于减免税政策范围不确定，需商国家有关主管部门确定等情形。
减免税申请人可以将其减免税货物移作他用
准许减免税申请人将其减免税货物移作他用是《办法》最大的看点。
为促进减免税货物物尽其用，《办法》第三十条规定，“在海关监管年限内，减免税申请人需要将减免税货物移作他用的，应当事先向主管海关提出申请。经海关批准，减免税申请人可以按照海关批准的使用地区、用途、企业将减免税货物移作他用”。
另一方面，为确保国家税收安全，《办法》同时规定，经批准移作他用的，减免税申请人还应当按照移作他用的时间补缴相应的税款；移作他用的时间不能确定的，应当提交相应的税款担保，税款担保不得低于剩余监管年限应补缴税款总额。
明确减免税额度及其扣减、恢复等情形
《办法》首次以部门规章的形式对“减免税额度”作了明确的界定，即减免税额度“是指根据有关进出口税收优惠政策规定确定的减免税申请人可以减税或者免税进出口货物的金额、数量，或者可以减征、免征的进出口关税及进口环节海关代征税的税款”。
《办法》同时对减免税额度的扣减、恢复等情形作了原则性规定。
如第四十四条规定，“减免税货物转让给进口同一货物享受同等减免税优惠待遇的其他单位的”，转出方额度不予恢复、转入方额度予以扣减；“减免税货物因品质或者规格原因原状退运出境”，未以无代价抵偿方式进口同一类型货物的，可以在规定期限内申请恢复额度等等。（文︱海关总署政法司王嘉，摘自《中国海关》2009年第2期）
注：减免税种类包括法定减免税、临时减免税和特定减免税。法定减免税是指《海关法》第五十六条、《关税条例》第四十五条规定的无商业价值的广告品和货样、、外国政府和国际组织无偿赠送的物资、关税税额在人民币50元以下的一票货物等货物、物品。临时减免税是指《海关法》第五十八条、《关税条例》第四十六条授权国务院予以规定的情形。特定减免税是指依据《海关法》第五十八条授权，《关税条例》第四十六条规定的“特殊地区、特定企业或者特定用途的进出口货物减征或者免征关税”情形。 | 
